Транссектовый учет - наиболее дорогостоящий метод учета, поскольку для него необходимы большие суда или самолеты. Основа учета - метод линейных транссект. Дизайн транссект может отличаться в зависимости от задач, но во всех случаях он разрабатывается заранее. Для прокладки маршрута используются современные спутниковые навигационные приборы на основе системы GPS.
При учетах китообразных на больших акваториях закладываются параллельные периодические транссекты во всей зоне учетов. При учетах в прибрежной зоне или на небольших акваториях может использоваться зигзагообразный маршрут в пределах 10 или 20-мильной полосы.
Для правильных расчетов численности китообразных должны учитываться следующие параметры: высота наблюдателей над уровнем моря, расстояние до встреченных животных, определенное с помощью специальных биноклей, угол нахождения животного по отношению к курсу судна и скорость судна. В настоящее время для обработки результатов судовых учетов широко используются компьютерные программы WinCruz и Distance.
Метод линейных транссект в сочетании с методом фотоидентификации является основным инструментом для оценки численности китообразных в определенных районах морей и океанов.
Береговые учеты китообразных
Береговые учеты китообразных в основном проводятся на путях ежегодных миграций, например, миграций серых китов восточной популяции вдоль побережья Северной Америки.
Учеты в период миграций проводятся круглосуточно с использованием в ночное время инфракрасной видеоаппаратуры. Этот метод учета позволил довольно точно определить численность восточной популяции серых китов и количество размножающихся самок (подсчитывая количество новорожденных детенышей, направляющихся с матерями в районы летнего нагула).
Для оценки численности серых китов западной популяции в акватории северного Сахалина использовались учеты с маяка и автоучеты, во время которых автомашина с группой учетчиков перемещалась вдоль берега от одной учетной точки до другой, что позволяло в течение дня охватить значительную часть прибрежной акватории.
На п-ове Чукотка проводили береговые учеты гренландских китов, для которых привлекалось коренное население.